O IJC possui a seguinte estrutura organizacional:
Assembléia Geral
A Assembléia Geral, constituída por seus sócios efetivos, é o órgão máximo de avaliação, planejamento e deliberação do IJC:
Adriano Bento de Andrade
Clarisse Alexandre de Lima
Débora Marjorie Soares Barbosa Saraiva
Dione Maria Silva
David Barros Araújo
Dyhonanthan Bessa Lopes
Edson Ferreira Lima
Francisca Kátia de Sousa Silva
Francisca Marineide Marques Sombra
Francisco Rafael Mesquita Jerônimo
Francisco Rodrigo Josino Amaral
Francisco Silva Lima
Germano De Lima Santos
Hanoy Barroso Rodrigues
Ítalo Beethoven P. Correia
Luciana Camila dos Santos Brandão
Luizete Vicente da Silva
Maik dos Santos Barbosa
Marcos Paulo Campos Cavalcante de Mello
Maria Divaneide Basilio
Maria Madalena de Paula Gonçalves Américo Sousa
Maria Nayde de Magalhães Macedo
Marilene Meneses Santos
Mário Aberto Mapurunga Júnior
Silvia Maria Vieira dos Santos
Thiago de Freitas Ramalho
Conselho Diretor
O Conselho Diretor é formado por três membros e um suplente e é responsável pela coordenação política do instituto:
Diretor Presidente: Rodrigo Amaral
Diretora Financeira: Silvia Maria Vieira
Diretor de Programas: Marcos Paulo Campos
Conselho Fiscal
Adriano Bento, Edson Ferreira e Francisco Silva